王仙芝对朝廷扔出的肥肉非常满意，这些年四处奔走不就是为了这个吗？水浒中宋大哥所走的道路和王仙芝几乎如出一辙，所谓起义，都成了大头领搞取个人利益的牺牲品。可笑的是，前不久还是王仙芝俘虏和敌人的王镣、裴渥都跑到前台恭喜王大人高升，王仙芝心情好极了，大设宴席，众人推杯换盏，称兄道弟，好不快哉，这等场面何等滑稽。
可王仙芝哪知道自己的一桌好酒席生生的被他的一个朋友给坏掉了，他的这个朋友就是盐贩子黄巢。黄巢见唐朝只封王仙芝一个人，暗想自己这几年为王仙芝上刀山下火海，居然一文钱都没有捞到，当下就火冒三丈。
黄巢可能喝多了，仗着酒劲跳将出来，指着王仙芝的鼻子大骂：“我们刚开始起事的时候，是立下死誓的，夺取天下，为民除贼。现在我们的事业刚刚起步，你就要接受唐朝的招安。你倒是自在，当了唐朝的官儿，留下五千多个苦命的弟兄怎么办？你把弟兄们交给我，我带他们去谋富贵，你留在这里享福吧。”
黄巢不仅“稍通书记”，他还“稍通拳脚”，觉得骂人不解气，干脆冲上前去将王仙芝摁倒在地，劈头盖脸就是就是一顿胖揍，王仙芝被揍的吱哇乱叫。义军弟兄们觉得黄巢说出了他们的心里话，都是一片附和：“哥哥忒不地道，你自个享福，让我们去喝西北风！”
要说王仙芝也真是个人物，处变不惊，看到弟兄们都对他有意见，知道如果手上无兵，就算当上节度使，皇帝早晚也会把他吃了。王仙芝立刻向弟兄们狠狠批判了错误的投降主义路线，决定回到正确的革命路线上来。王仙芝当场宣布不接受唐朝的招安，继续做“贼”。旁边的王镣和裴渥见状吓的魂飞魄散，这伙强人也太不讲道上规矩了。裴渥脚长，趁人不备，溜出来骑马便逃。王镣运气太差，没逃成功，第二次做了王仙芝的俘虏。
经过这一番闹剧，王仙芝和黄巢心中已经有了隔阂，干脆好合好散。当下商定，把起义军一分为二，王仙芝带一部分部队留在荆襄一带，黄巢带一部分军队北上回山东。
黄巢有自己的打算，自己跟在王仙芝屁股后面当小跟班总不是个办法，这样下去，永远都不会有出头之日。现在自己单干，正好给了自己展示才能的机会，现代人也何尝不作如是想：与其给别人当高级打工仔，不如自己当个小老板，不用每天给别人点头哈腰赚点辛苦钱了。事实证明，黄巢的单飞是正确的。黄巢和王仙芝分道扬镳之后，乾符四年（公元877年）二月，黄巢攻下郓州（州治在今山东东平），杀掉唐郓州节度使薛崇，进而又克沂州。
也许是黄巢和王仙芝的缘份还没有走到尽头，乾符四年（公元877年）四月，王仙芝派心腹尚让率众北上岈山，黄巢知道后，也带着弟兄们来到岈山，与尚让会合。不久王仙芝也来了，两处义军又合兵一处。同年七年，两路起义军合力攻打宋州（今河南商丘），将吹牛不上税的平卢节度使宋威困在城中。
唐朝在这个时候渐渐恢复了一些元气，右威卫上将军张自勉率兵与起义军交战，唐军大胜，起义军损失惨重。关于这次失败的原因，史无明载。但分析一下，可能是王仙芝和黄巢各行其政，号令不一，所以被唐朝援军打了个措手不及。
朝廷得胜后，宰相王铎和兵部尚书卢携打算把张自勉划到宋威手下，可另一个宰相郑畋知道张自勉和宋威向来不对付，怕宋威对张自勉下黑手，不同意。王铎、卢携和郑畋是政敌，干脆利用这个机会扳掉郑畋，二人上奏僖宗，请罢免郑畋。郑畋大不服气，假意要请僖宗准自己归老家乡，这三位爷都是宰辅重臣，片刻离不开的，两方之议，都不准。
这时的义军已经南下了，不过王、黄二部仍然是各自行军，分家过了。王仙芝率本部兵攻占随州（今湖北随州），活捉唐随州刺史崔休征，稍有起色。唐朝知道王仙芝比黄巢好对付，决定先敲掉王仙芝。唐乾符四年（公元877年）十一月，唐招讨使太监杨复光写信劝王仙芝归降朝廷，上次王仙芝被黄巢砸了场子，没有机会“痛改前非”，这次他不想再放过机会了。
王仙芝派亲信尚君长前往长安谈判，哪想到尚君长半路上被平卢节度使宋威给捉了，宋威把无耻当成了习惯，谎称擒贼有功。杨复光知道要是把王仙芝招降了，他是首功，哪能凭白让不要脸的宋威给抢了去？杨复恭极力向僖宗说明：“尚君长是来代王仙芝议降的，宋威谎报军功，着实可耻。”宋威咬口不放，李儇向无主见，哪里分辨的真切？一番扯皮之后，谁也说不清楚，李儇被弄烦了，干脆将尚君长杀掉。尚君长死的这个地方名字也特难听，叫什么狗脊岭，尚君长这个冤啊。
王仙芝得知尚君长被杀，感觉自己又一次被愚弄了，不禁大怒：“昏君！白送给你的你都不吃，那就对不住了。”乾符四年（公元877）十二月，王仙芝部转战江陵。
驻守江陵的荆南节度使杨知温实在是个搞笑人物，这位杨大人是位文学家。当王仙芝的人马已经攻破外城的时候，将士请杨知温上前督战，杨大人却衣帽整齐，望着漫天大雪，有感而发，写了几首诗，让属下评评写的比李杜如何。不过杨知温虽然迂腐，却也不傻，派人去请救兵。山南东道节度使李福接到急报，忙出兵去救。半路上遇上了驻守襄阳的沙陀兵，便一起去抄王仙芝的后院。没想到王仙芝吃亏不长记性，又被唐军从背后插上一刀，大败而去。
乾符五年（公元878年）正月，王仙芝北上去攻申州（今河南信阳），结果被唐军招讨副使曾元裕打败。这次惨败比王仙芝经历过的任何败仗更加惨烈，王仙芝在申州丢下了近万具义军将士的尸体，同时又有一万多义军被唐军招降。捷报传到长安，李儇大喜，他早就嫌宋威是个饭桶，正好趁此大捷，罢免了宋威，改任曾元裕。