宋教仁在沪市发表了各种演讲，引起了广泛的关注，随后宋教仁开始决定北上正式接任内阁总理了，此时得意洋洋的他根本没有想到，沪市火车站中藏有一个刺客。当宋教仁在火车站内向送行的众多民党党员和群众记者挥舞告别之际，刺客应桂馨拔出手枪击中了宋教仁，子弹从他的后背射入体内，射中其右肋，斜入腹部，凶手开枪后逃逸。

宋教仁疼痛难忍，趴倒在一张椅子上，用手把于右任的头拉到胸口，喘息地说：“吾痛甚，殆将不起……”，当时在火车站送行的黄兴、于右任、廖仲恺等将宋教仁送往沪宁铁路医院急救。

在医院中宋教仁向于右任留下遗嘱：今以三事奉告：一、所有在南京、北京及东京寄存之书籍，悉捐入南京图书馆；二、我本寒家，老母尚在，如我死后，请克强与公及诸故人为我照料；三、诸公皆当勉力进行，勿以我为念，而放弃责任心。我为调和南北事费尽心力，造谣者及一班人民不知原委，每多误解，我受痛苦也是应当，死亦何悔？

他并授意黄兴代拟电报给袁世凯，讲述自己的中弹经过和革命生涯，最后希望袁世凯能够竭力保障民权，自己则虽死犹生。

从宋教仁给袁世凯发的电报可以看出来，弥留之际宋教仁知道自己不是被袁世凯刺杀的，他并没有为自己索要什么，唯独希望袁世凯不要做独裁总统。

沪督陈其美将刺客应桂馨抓获，两天之后应桂馨被杀，随后陈其美突然宣称搜出应桂馨与内务部长赵秉均的秘书洪述祖的书信来，陈其美由此认为，宋教仁是被袁世凯所杀。

江苏都督程德全、江苏民政长应德闳在收到租界会审公堂移交的证据后，把罪犯应桂馨和国务总理兼内务总长赵秉钧、内务部秘书洪述祖之间来往的秘密电报和函件的要点以“通电”的形式向海内外公布，迫使赵秉钧不得不发出公开电报为自己辩解，沪市地方检察厅也公开传讯在位的国务总理赵秉钧。

且不说陈其美所陈证据是真是假，但下一任内阁总理被刺杀一事让袁世凯政府极其被动，众所周知宋教仁反袁，北上正式来代替袁世凯领导国家的，这相当于下一任国家领导人被杀了，任谁都会认为应该是袁世凯下的毒手。此时陈其美抛出所谓的“证据”，即便不是真的，众人也认为是真的了。

而在整个宋教仁遇刺一案中，王永安心存怀疑，尤其是他太了解陈其美了，陈其美控制的上海地方法院能够正确审判才怪。

诚然这个宋教仁自以为懂得政治却不懂得国情，自以为可以将外国的政治体系照搬全抄挪到中国来，却完全忘记了推翻满清并不是国会和那群议员的功劳，而是北洋军队、江北军队和民党军队的功劳，犯了文人最大的毛病——看不起干实事儿的人。当然，如果让宋教仁“任人唯贤”地进行内阁改组，看起来未来的国家一定会非常完美，但却会遇到政令不通甚至会产生内战的危险。