天启二年八月，郑芝龙所部中华军及华人民兵总计6000余人，经过一个月的战斗，实际上是一路烧杀破坏，终于与南洋舰队以及台湾舰队南洋分遣队在北大年海岸边会合了，此时的海面上共计有中华军海军的两艘三桅战列舰，十余艘纵帆战舰、十余艘福船炮舰，近百艘各种辅助船只。

北大年女王一路被押解北上，亲眼见到沿途马來人村寨城镇都被付之一炬，无数的土著百姓被杀，无数土著百姓成了俘虏，在中华军北上行进队伍的两侧，几十里范围内几乎被华人民兵搞成了无人地带。

在柔佛境内，柔佛苏丹马未沙二世组织他所剩无几的部队抵抗，结果遭到郑芝龙部和南中国海方向麦大海海军舰队的夹攻。

这个柔佛苏丹国的历史和华人密切相关，是郑和支持下建国的马六甲苏丹王朝的直接传人，在1511年马六甲被葡萄牙人占领后，苏丹马末沙逃至柔佛民丹岛，建立了柔佛王朝，苏丹马末沙企图从葡萄牙人的手中夺回马六甲，葡萄牙人终于在1526年从印度果亚派遣舰队攻击并摧毁了民丹岛，苏丹马末沙仓皇逃到苏门答腊甘帕（Kampar）并于1528年驾崩，其长子苏丹阿拉乌丁二世（SultanAlauddinRiayatShahII）继承遗志创建具马六甲王室血统的柔佛王朝（亦有史册认为苏丹马末沙为柔佛王朝创始人），定都旧柔佛（马來语：JohorLama），实行伊斯兰教义为主的政教合一政体；其兄弟苏丹穆沙法沙（SultanMuzaffarShah）则远赴霹雳建立新王朝。

柔佛王朝除了要应付葡萄牙，还得对付苏门答腊北方的劲敌-亚齐。

三方之间互相攻伐，多是柔佛王朝占下风，1564年，亚齐人攻击柔佛，柔佛国受到洗劫，苏丹阿拉乌丁二世也被掳走，随后在亚齐被杀，其后五十年内，柔佛多次发生国都遭亚齐焚毁、苏丹遭掳杀的屈辱事件，柔佛曾经控制了柔佛、廖内与苏门答腊的一部分，在第二次南洋大战后，中华军夺占马六甲时，柔佛苏丹只能管辖马來半岛最南端的那块土地了。

这一次柔佛苏丹国由于跟着亚齐反华，迎來了又一次洗劫，这一回浩劫，柔佛王朝的王室成员也沒能逃脱，苏丹马未沙二世亲自带兵抵抗中华军，在柔佛城外被中华军舰队炮火打死；大王子易普拉幸在马六甲围城战的最后一天被俘虏，二王子在麦大海的台湾陆战队用轰天雷臼炮轰炸王宫时被炸死。

郑芝龙的部队非常痛恨柔佛人的背叛，因为很多马六甲守备团的士兵就在本地置业，他们的财产损失很大，最大的祸首就是土匪一般的柔佛军队，因此，郑芝龙以追查逃亡中的柔佛首相为理由，下令对柔佛进行彻底搜查后，他的直属部队和民兵对柔佛进行了一次彻底地洗劫和屠杀，一场大规模的种族清洗，他们任意闯入土著居民家中烧杀抢掠，或者在当地华人带路下闯入贵族领主家中抄家，遇到抵抗的地主贵族，马六甲守备团士兵就用大炮说话，连人带房子轰成碎片，只有那些与华人华侨关系不错的柔佛商人得以躲过一劫，他们躲入了那些华人富商家中，或者躲在了中华商馆内。

在这一次马來人反华之乱中，柔佛的华人受到了财产损失，中华商馆被柔佛苏丹卫队抢掠一空，不过，华人们的人身安全并沒有受到侵害，基本上沒有人被杀，因此，在郑芝龙部队开始全城洗劫时，一些柔佛人就得到了华人们的保护，得以幸免与难。

长时间屠杀后，到当晚后半夜，民兵们首先开始嫌麻烦--开枪射杀、刺刀挑死、砍刀砍死这些毫无反抗的人实在太麻烦，一些华人民兵组织（主要成员为前海盗分子的）将大群土著人不分男女老少捆在一齐，形成一长串人链，强行带到海边后，民兵们把大捆的手雷点燃后抛入人群，活活将人群炸成血肉模糊的一堆堆尸体。

火光在柔佛城内彻夜不熄，被杀死的柔佛土著抛尸路边，上万具尸体汇集起來的血水，在早晨的阳光下，染红了柔佛海滩。

麦大海指挥的舰队一部分來自台湾舰队，一部分隶属南洋舰队，只是马六甲成为南洋舰队主基地才一年，他们原先驻扎在雅加达和马尼拉，因此，中华军海军方面对柔佛沒有什么私仇，他们对马六甲守备团及民兵们的行为非常吃惊，麦大海派人连夜上岸，好不容易在刀光血海的柔佛王宫内找到了郑芝龙，他警告郑芝龙，柔佛国内很多土著商人和中华公司有贸易联系，郑一官想报仇雪恨，可以，但是不要因此损害了公司的利益。

这时，郑芝龙的舅父黄逞被牵连进朝廷内奸案一事，尚未传到马六甲。

船主大王大舅子的面子，郑芝龙还是要顾着一点的，他自己也觉得，这场大清洗搞得有点过火了，毕竟，凭他自己手头的部队，不可能清除掉所有土著，在事情平定后，这些土著依然是华人庄园、工厂的劳动力，还会是马六甲镇守府的征税对象，郑芝龙忽然觉得自己可能犯了错误，赶紧下令在全柔佛范围内结束大搜捕。