吴浩、祖光鲜等一开始也沒太注意辖境内的原住民暴动。但在事情闹大后。就立刻联系那些平常结好华人的爪哇封建领主。以原马达兰国人为主的反华叛军一举一动。基本都被中华军得到了消息。中华军及各种民兵武装及时调整部署。以少量兵力坚守各地屯田农庄、移民村的坚固堡垒。南洋旅主力分驻主要城市。泗水、三宝垄、井里汶、雅加达、万丹这些重要城市及港口。也是主要华人商业中心。都经受住了爪哇叛乱者的第一轮攻击狂潮。

随着南洋舰队援军的到來。以及泗水华人组建的华人开拓团、东爪哇人、巴厘岛人联军开始出击。爪哇岛的局势在天启二年三月开始扭转。爪哇各地华人武装及土著盟军在南洋舰队陆战队帮助下。相继转守为攻。

马六甲是南洋舰队的主基地。在天启元年这一年中。南洋舰队的主力一部随要塞总管郑芝龙出击锡兰岛。一部回援广东等地支援主力北上辽东的台湾舰队。因此。在南洋各地马來人叛乱开始时。马六甲要塞只驻扎了南洋舰队的一艘战列舰和十几艘双桅炮舰。以及马六甲要塞守备团的两个营1000名步军。守备团主力跟着郑芝龙去锡兰岛和荷兰人作战去了。另外。就是还有柔佛、马六甲华商开拓团、马六甲各地华人屯田农庄的团练民兵。拥有各种杂乱武器的民兵武装总计在2000人左右。

由于兵力不足。天启二年元月以爪哇岛为起始的南洋各地马來人叛乱。对马六甲城中华军而言。有点措手不及。由于初期只是爪哇岛、苏门答腊南部各地的叛乱。马六甲中华军抽调出兵力首先奔赴爪哇岛。

留守马六甲要塞的南洋舰队副总管、南洋水手陆战队总队长林水生一开始沒有预料到马來人叛乱会席卷整个南洋。他在收到爪哇告急的消息后。亲自带领南洋舰队留守马六甲的舰只大部出击爪哇。只留下了飞鹰号战列舰及几艘双桅福船炮舰在马六甲河河口驻防。他还带走了部分马六甲守备团的百余炮兵。

二月份南中国海刮着北风。由于爪哇岛战乱。大量的中国商船都奔向马六甲。葡萄牙、西班牙、英国、荷兰等国商船也避开万丹、雅加达港。。齐聚马六甲海峡。

就在马六甲商船云集时。各国商人大作生意的时候。亚齐伙同北大年等马來人小邦国一齐发难。向马六甲进攻。

如果不是驻扎在西婆罗洲新崖州的赵宣明第六师刚好來到马六甲。带來了第六师一个团。马六甲各国商人很可能会损失惨重。当时中华军的马六甲要塞指挥官是步军少校张魏。十年前原是赵宣明“铁壁团”的一名哨长。参加过讨伐日本萨摩藩的战争。

亚齐人事先已经派出数百人化妆为土著商人混入马六甲。

马六甲要塞堡垒确实防守坚固。在马六甲城及河口贸易大市场突然发起暴动的亚齐人乘乱已经有数十人冲入城堡内了。差一点就攻占整个城市了。张魏此时正在正南门巡视。带领自己的卫队直接冲了上去。在狭窄的堡垒门口将冲入堡门的亚齐人一一砍死。随后。他发出告急烟花信号。在要塞山顶打响了要塞保卫战的第一炮。

马六甲要塞堡垒是在原葡萄牙人留下的AFamosa城堡基础上扩建的。这个AFamosa（意为“著名的”）城堡是葡萄牙人1511年攻占马六甲之后修建的。马六甲沦陷之后。葡萄牙将领ALFONSODALBUQUERQUE立刻强迫劳工和俘虏们修建了一个临时的碉堡來防御马來人的攻击。同时他们开始修建主城堡。也就是后來被称为“AFade”（马六甲要塞）的这座城堡。

修建AFamosa一共耗时五个月的时间。期间。因为气候炎热和食物不足。很多劳工死于这里。修建城堡的原料來自于被拆掉的马來人墓碑和清真寺以及其他建筑。完成的城堡有四个堡垒。城壁厚达2.4米。到了1583年。马六甲已成为一座防御完备的城市。有70门面对不同方向的大炮。曾被誉为“东南亚最坚固的堡垒”。它也成为当地人心中一种恐惧的象征。

在此基础上。葡萄牙人不断的把AFamosa向四周扩展。AFamosa地域最大时包括了现在中国人手中马六甲城的南半部。葡萄牙人也把这座城堡变成了一个基督教城市。他们在里面建立了五个教堂。一个礼拜堂。一个修道院。一个医院以及主教和官员的宫殿。

中华联合公司占据马六甲后。扩建了要塞防御体系。由西欧雇來的法国、意大利工程师以及无数马來人、华人劳工建设了新的马六甲城。使它的城墙延长并且在河口重建了最坚固的河口城堡。

在马六甲保卫战第一天。就是这河口城堡上发射五十斤铁弹及霰弹的八门大炮。配合着南洋舰队的飞鹰战列舰击退了亚齐人偷袭马六甲海峡的几百艘放火船。各国商人的几百艘商船乘机四散逃跑。

马六甲的制高点是作为华人公墓的三宝山。以及圣保罗教堂所在的圣保罗山。圣保罗山原名“马六甲山”。葡萄牙人占领马六甲后。这座山被从新命名为“圣母玛利亚山”。圣保罗教堂原本是一个礼拜堂。被马六甲的葡萄人称为“圣母礼拜堂”。因为凭着其居高临下的战略位置可以避免敌军从南中国海进攻。因此也被誉为“山上的圣母礼拜堂”。这是马六甲最古老的天主教堂。

第一天的攻击失败后。亚齐人的军队乘夜渡过海峡。和柔佛人会合。加上后期赶來的北大年军队。开始了对马六甲长达四个月的围攻。