昭宗万没想到禁军竟连一战之能都没有，心中自是后悔不已，闻听杜让能之言，不禁满脸泪水，泣道：“这都是朕措置失当，爱卿何罪之有呢？罪责爱卿的诏书将如何命制，谁又能为朕起草这个诏书呢？”

杜让能从容奏道：“若能以微臣一人之命，免了京师百姓的祸难，换来圣上和朝廷的安定，让能何惜一死？这个诏书，还是让微臣来起草吧！这也算是微臣最后一次为陛下效力了！”

杜让能为昭宗起草过不计其数的诏书，而为自己寻找罪名、治罪自身的诏书，这还是第一次，心中自然不是滋味了，不过，他总算是草就了。昭宗颤抖着双手接过草诏，当读到“弃卿士之臧谋，构藩垣之深衅，咨询之际，证执弥坚”、“不斩不足以安百姓、慰藩臣、定朝纲”时，竟是呜咽难禁，失声大哭。良久，昭宗方才住声，提笔加了一句：“姑念其两朝扶危，稍有微劳，特免一死，贬为梧州刺史，即日离京。”

杜让能苦笑道：“老臣谢陛下隆恩！不过，微臣不死，李茂贞是绝难干休的，还望陛下日后多多保重。”

昭宗哭道：“为国家、宗庙计，朕只有深负爱卿了。”

当日，昭宗下诏，贬杜让能为梧州刺史，观军容使西门君遂流放儋州，内枢密使李周潼流放崖州，段诩流放欢州。

果如杜让能所言，诏书颁下后，李茂贞坚决不答应，昭宗无奈，只得亲御安福门，将西门君遂、李周潼、段诩斩首，再次下诏贬杜让能为雷州司户，并遣使对李茂贞说道：“蛊惑朕用兵者，实为西门君遂、李周潼、段诩三人，不关杜让能之事。”

李茂贞仍勒兵不去，扬言道：“不诛杜让能，决不撤兵！”崔昭纬则又趁火打劫，力劝昭宗杀了杜让能，说道：“杜太尉不死，祸患是不会消弭的。”

昭宗被逼得走投无路，只得挥泪下诏，赐杜让能自尽，又按李茂贞要求布告中外，称“让能举枉错直，爱憎系于一时；鬻狱卖官，聚敛逾于巨万。”

杜让能以如此“大罪”赐死，自料长安百姓必会因此而痛恨、唾骂自己，不料，行刑之日，正逢长安大雪，京城内外，一片素白，杜府周遭竟密密麻麻地跪满了朝臣，府外大街上，也有数万百姓跪在雪地里痛哭失声，不少人悲声高叫：“杜太尉是忠臣啊！”“杜太尉不能死啊！”……哀痛之声，声闻数里。杜让能听到后，再也忍不住了，热泪夺眶而出，仰天叹道：“天公垂怜，庇护我大唐的善良百姓吧！”说罢，从容地端起御赐毒酒，一饮而进……

昭宗心中暗恨崔昭纬，次日即颁下诏书：以东都留守韦昭度、御史中丞崔胤为宰相。李茂贞见崔昭纬未列入宰相之列，而韦昭度又复为宰相，心中大为不满，便上表说韦昭度无宰相之器，不可置之台司，恐乱天下；而崔昭纬才能器度，堪为宰臣首辅之才，不可罢相。昭宗此时已铁了心，说什么也不让崔昭纬再位列宰辅了，他先是趁了李茂贞的心意，下诏加封他为凤翔节度使兼山南西道节度使、守中书令，随后又致书李茂贞道：“军旅之事，朕则与藩臣图之；朝廷任命宰相，则出自朕怀；否则，朕宁愿一死！”话虽如此，昭宗还是下诏以崔昭纬为右仆射。李茂贞见凤翔、兴元、洋、陇、秦等十五州，已经皆为自己所有了，总算是得尝所愿了，也就不再坚持崔昭纬任宰相一事了。

崔昭纬机关算尽，最终却把相位给丢了，不禁大为沮丧，心中就对李茂贞有些不满，认为他是“过河拆桥”。

按理说，崔胤能拜为宰相，合府应该隆重庆祝才是，不想，其叔父崔安潜不但坚不设宴，而且还不喜反忧。亲属们大为不解，一再追问原由，崔安潜这才忧心忡忡地说道：“我父兄刻苦以立门户，不想，却终将为淄郎所坏！”“淄郎”是崔胤的小名。崔安潜认为，崔胤为人外似宽宏，内实巧险，此人为相，于国于家，皆非好事。

王行瑜见李茂贞想得的都得到了，便也想捞点好处，上表奏请昭宗加封他为尚书令。昭宗颇觉为难，召韦昭度商议，韦昭度密奏道：“高祖时，太宗以尚书令执政，后来登上大位，自此以后，尚书令从不轻授给大臣，只有郭子仪曾以大功封拜尚书令，但郭子仪本人却终身避让，王行瑜又有何功能授尚书令呢？”

昭宗担心王行瑜不满，只好加封他为太师，赐号“尚父”，并赐以免死铁券。王行瑜尤不满足，掌书记张策劝道：“尚书令一职久未任人，主公若必欲得此虚名，李茂贞又怎会屈居于下，主公何必自寻烦恼呢？”王行瑜这才罢休。

李茂贞、王行瑜终于退兵了！但是，经此一事，朝廷威望再度大跌，昭宗自是懊恼不已。

李茂贞之事刚罢，王建的表章又到了，言称陈敬暄、田令孜密谋不轨，阴谋作乱，暗地里与李茂贞相往来，奏请诛杀二人，以绝后患。昭宗虽然不喜二人，但此时他是多一事不如少一事，故而，没有答应王建的要求。

王建此时之所以要杀田令孜、陈敬暄，就是因为田令孜此时仍然与彭州的杨晟暗自勾结，意图借彭州东山再起。故而，昭宗虽然不同意，但王建还是遣人将这兄弟二人杀了。随后，他在给朝廷的表章中奏道：“开闸出虎，孔宣父不责他人；当路斩蛇，孙叔敖盖非利己。专杀不行于阃外，先机恐失于毂中。”昭宗本就对田令孜兄弟没有好感，此时，他见二人已死，也就不再说什么了。